V sistem EBA DMS se lahko prijavite na več načinov:

Prvi način je z digitalnim potrdilom, bodisi internim, bodisi kvalificiranim – v sistemu EBA DMS je to definirano kot interna avtentikacija.

V tem primeru se ob zagonu EBA DMS klienta v prijavno okno vpiše uporabniško ime uporabnika in njegovo geslo.

Drugi način pa je z Windows Active Directory avtentikacijo.

Številna podjetja stremijo k poenostavitvi avtentikacije in sistem EBA DMS podpira Windows AD način, tako da se lahko v sistem uporabnik prijavi tudi s svojimi Windows poverilnicami.