V primeru, da želimo zbrisati uporabnika, moramo upoštevati nekaj stvari – uporabnik ne sme v pisarni imeti neobdelanih dokumentov ter dejanja (sledi) uporabnika bodo ostala zapisana na dokumentih.
Uporabnika, katerega želimo odstraniti, poiščemo v shemi organizacije ali na seznamu uporabnikov in z desnim klikom nanj prikličemo meni ter izberemo akcijo Odstrani oziroma Odstrani uporabnika:

Pojavi se nam okno, ki nas vpraša, če želimo odstraniti uporabnika, potrdimo z Da.
Če ima uporabnik v pisarni neobdelane dokumente, nas sistem na to opozori. V tem primeru sta dve rešitvi: bodisi da uporabnik obdela dokumente ali pa jih upravitelj oz. skrbnik posreduje drugi osebi.

Ko prenesemo dokumente z uporabnika, ponovimo postopek za izbris.
Sestavni del mesečne najmenine za sistem EBA DMS je število uporabnikov, zato predlagamo, da v izogib nepotrebnim stroškom redno vzdržujete dejansko število uporabnikov.